researchJobsPhD in Medical Science: Polymicrobial Urinary Tract Infection Model
Doktorand i medicinsk vetenskap: polymikrobiell urinvägsinfektionsmodell — Machine-translated title
From the ad
Lund University was founded 1666 and ranks recurrent as one of the world's leading universities. There are about 46 000 students and 8 500 employees in Lund, Helsingborg and Malmö. We are united in our efforts to understand, explain and improve our world and people's conditions.
Description of the activity The service is located at the laboratory Microbial Evolutionary Genetics (MEG), which is led by Johannes Cairns at the Department of Experimental Medical Sciences, Faculty of Medicine, Lund University.
The research group studies microbial evolution, antibiotic resistance and microbial interactions using experimental evolution, microbial ecology, bioinformatics and quantitative analysis. The group combines experimental microbiology with data analysis and collaborates with national and international research environments.
The PhD student will work at BMC in Lund in a small interdisciplinary research environment with close supervision and collaboration between experimental and computational researchers.
The research group's website: https://johannescairns.github.io/meg-lab/. Project description The doctoral project "Predicting eco-evolutionary dynamics in a polymicrobial urinary tract infection model" examines how species interactions affect antibiotic response, social composition, biofilm formation and resistance development in a defined five-art model for urinary tract infections. The project combines longitudinal experiments in planktonic and biofilm systems with quantitative analysis. The work includes experimental evolution, bacterial cultivation and phenotyping, antibiotic-dose response, sequencing-based analysis of social composition, and statistical modelling and bioinformatics. The project is part of the DDLS environment and is carried out in collaboration with researchers at Lund University and other universities.
Tasks and responsibilities The main work tasks for a doctoral student are to engage in their doctoral studies and therefore you will be both admitted as a student and employed at Lund University.
You will: Plan and conduct longitudinal experiments with defined polymicrobial UVI model systems Establish, maintain and quality-proof microbial cultivation systems, including planktonic and biofilm based models Conduct bacterial cultivation, sampling, growth quantification, antibiotic dose response and resistance phenotyping Get into and use the University's chemical management system, risk assessment and electronic laboratory documentation Work in a BSL2 laboratory and follow current biosecurity practices, risk assessment and local safety regulations Analyze experimental data in R and/or Python and contribute to statistical modelling and visualisation Analyze sequencing-based and, as necessary, other omic data Participate in experimental planning, data management, script writing, seminars and scientific conferences Conduct mandatory courses and other steps in research education
Qualifications Requirements for admission are: Completed degree at second cycle, completed course requirements of at least 240 credits, of which at least 60 credits at second cycle level, or in any other way within or outside the country acquired mainly equivalent knowledge Good ability to assimilate the doctoral programme At least 60 credits within a subject area relevant to medical science
Requirements for the position are: You have a master's degree in microbiology, molecular biology, biotechnology or other field relevant to the project You have documented practical experience in experimental microbiological laboratory work, including bacterial cultivation, aseptic technology and quantification of microbial growth You have experience in establishing and maintaining defined microbial cultivation systems and working with synthetic or polymicrobial bacterial communities You have documented experience in in vitro models for polymicrobial urinary tract infections or a closely comparable infection-relevant polymicrobial model system You have experience in experiments investigating antibiotic responses, microbial interactions or evolutionary changes in bacterial communities You have basic experience in data management and analysis in R and/or Python You have very good knowledge in English in speech and writing You are self-propelled and persistent, have good written skills and can work structured both independently and in collaboration with others.
You have experience in experimental evolution and/or antimicrobial resistance research You have experience in statistical modelling, bioinformatics or analysis of sequencing-based microbial data You have experience in research laboratory or clinical microbiological laboratory You have experience in quantitative microbial phenotyping, such as flow cytometry
Great emphasis will be placed on how the applicant, through his/her experience and competence, is judged to have the skills needed to complete the doctoral education.
We offer Lund University is a government authority, which means that you receive special benefits, generous holidays and a favourable occupational pension. As a doctoral student at Lund University, you are both admitted as a student and employed, which provides several benefits. Read more about being admitted and employed on the University's website.
As a doctoral student in MEG Lab, you get access to modern microbiological laboratory infrastructure at BMC, close supervision and participation in the DDLS network's training courses and scientific meetings. The project provides training in both experimental microbiology and quantitative data analysis as well as opportunities for collaboration with national and international researchers.
Read more on the University's website about being an employee with us Work with us.
Please see the ad in full via link: https://lu.varbi.com/what:job/jobID:971233/
Machine translation (OPUS-MT) — the original text is authoritative
Show the original advertisement
Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.
Beskrivning av verksamheten
Tjänsten är placerad vid laboratoriet Microbial Evolutionary Genetics (MEG), som leds av Johannes Cairns vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap, Medicinska fakulteten, Lunds universitet.
Forskargruppen studerar mikrobiell evolution, antibiotikaresistens och mikrobiella interaktioner med hjälp av experimentell evolution, mikrobiell ekologi, bioinformatik och kvantitativ analys. Gruppen kombinerar experimentell mikrobiologi med dataanalys och samarbetar med nationella och internationella forskningsmiljöer.
Doktoranden kommer att arbeta vid BMC i Lund i en liten tvärvetenskaplig forskningsmiljö med nära handledning och samarbete mellan experimentella och beräkningsinriktade forskare.
Forskargruppens webbplats: https://johannescairns.github.io/meg-lab/.
Projektbeskrivning
Doktorandprojektet "Predicting eco-evolutionary dynamics in a polymicrobial urinary tract infection model" undersöker hur artinteraktioner påverkar antibiotikarespons, samhällssammansättning, biofilmsbildning och resistensutveckling i en definierad femartsmodell för urinvägsinfektioner. Projektet kombinerar longitudinella experiment i planktoniska och biofilmsystem med kvantitativ analys. Arbetet omfattar experimentell evolution, bakterieodling och fenotypning, antibiotika-dos-respons, sekvenseringsbaserad analys av samhällssammansättning samt statistisk modellering och bioinformatik. Projektet ingår i DDLS-miljön och genomförs i samarbete med forskare vid Lunds universitet och andra universitet.
Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Huvudarbetsuppgifterna för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning och därför kommer du både vara antagen som student och anställd vid Lunds universitet.
Du kommer att:
Planera och genomföra longitudinella experiment med definierade polymikrobiella UVI-modellsystem
Etablera, underhålla och kvalitetssäkra mikrobiella odlingssystem, inklusive planktoniska och biofilmbaserade modeller
Genomföra bakterieodling, provtagning, tillväxtkvantifiering, antibiotika-dos-respons och resistensfenotypning
Sätta dig in i och använda universitetets system för kemikaliehantering, riskbedömning och elektronisk laboratoriedokumentation
Arbeta i ett BSL-2-laboratorium och följa gällande biosäkerhetsrutiner, riskbedömningar och lokala säkerhetsföreskrifter
Analysera experimentella data i R och/eller Python och bidra till statistisk modellering och visualisering
Analysera sekvenseringsbaserade och, efter behov, andra omikdata
Delta i experimentell planering, datahantering, manusförfattande, seminarier och vetenskapliga konferenser
Genomföra obligatoriska kurser och andra moment inom forskarutbildningen
Kvalifikationer
Krav för antagningen är:
Avlagd examen på avancerad nivå, fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper
God förmåga av att tillgodogöra sig forskarutbildningen
Minst 60 högskolepoäng inom ett ämnesområde relevant för medicinsk vetenskap
Krav för anställningen är:
Du har en masterexamen inom mikrobiologi, molekylärbiologi, bioteknik eller annat område relevant för projektet
Du har dokumenterad praktisk erfarenhet av experimentellt mikrobiologiskt laboratoriearbete, inklusive bakterieodling, aseptisk teknik och kvantifiering av mikrobiell tillväxt
Du har erfarenhet av att etablera och underhålla definierade mikrobiella odlingssystem och arbeta med syntetiska eller polymikrobiella bakteriesamhällen
Du har dokumenterad erfarenhet av in vitro-modeller för polymikrobiella urinvägsinfektioner eller ett nära jämförbart infektionsrelevant polymikrobiellt modellsystem
Du har erfarenhet av experiment som undersöker antibiotikarespons, mikrobiella interaktioner eller evolutionära förändringar i bakteriesamhällen
Du har grundläggande erfarenhet av datahantering och analys i R och/eller Python
Du har mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift
Du är självgående och uthållig, har god skriftlig förmåga och kan arbeta strukturerat både självständigt och i samarbete med andra
Meriterande för anställningen är:
Du har erfarenhet av biofilmsystem, kateterrelaterade modeller eller andra infektionsrelevanta biofilmsystem
Du har erfarenhet av experimentell evolution och/eller forskning om antimikrobiell resistens
Du har erfarenhet av statistisk modellering, bioinformatik eller analys av sekvenseringsbaserade mikrobiella data
Du har erfarenhet av arbete i forskningslaboratorium eller kliniskt mikrobiologiskt laboratorium
Du har erfarenhet av kvantitativ mikrobiell fenotypning, exempelvis flödescytometri
Stor vikt kommer att läggas vid hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.
Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Som doktorand vid Lunds universitet är du både antagen som student och anställd vilket ger flera förmåner. Läs mer om att vara antagen och anställd vid på universitetets webbplats.
Som doktorand i MEG Lab får du tillgång till modern mikrobiologisk laboratorieinfrastruktur vid BMC, nära handledning och deltagande i DDLS-nätverkets utbildningar och vetenskapliga möten. Projektet ger träning i både experimentell mikrobiologi och kvantitativ dataanalys samt möjlighet till samarbete med nationella och internationella forskare.
Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.
Vänligen se annonsen i sin helhet via länk: https://lu.varbi.com/what:job/jobID:971233/
The employer's ad is the binding version. Apply through their system.
?
Saved calls and ads appear on your calendar, and their deadlines are included when you export it. Nothing else is added for you.