researchJobs
Lund UniversityLund, Sweden

Doctoral student in Medical Science: Predicting eco-evolutionary dynamics in a polymicrobial urinary tract infection model

From the ad

Lund University was founded 1666 and ranks recurring as one of the world's leading universities. Here are about 46 000 students and 8 500 employees in Lund, Helsingborg and Malmö. We are united in our quest to understand, explain and improve our world and people's conditions.

Description of the business

The service is located at the Microbial Evolutionary Genetics Laboratory (MEG), which is led by John Cairns at the Department of Experimental Medical Science, Medical Faculty, Lund University.

The research group studies microbial evolution, antibiotic resistance and microbial interactions using experimental evolution, microbial ecology, bioinformatics and quantitative analysis. The group combines experimental microbiology with data analysis and cooperates with national and international research environments.

The doctoral student will work at BMC in Lund in a small interdisciplinary research environment with close supervision and cooperation between experimental and calculating researchers.

The research group's website: https://johannescairns.github.io/meg-lab/.

Projektbeskrivning

The doctoral project "Predicting Eco-Evolutionary Dynamics In A Polymicrobial Urinary Tract Infection Model" investigates how art interactions affect antibiotic sponsor, society composition, biofilm formation and The project combines longitudinal experiments in planktonic and biofilm systems with quantitative analysis. The work includes experimental evolution, bacterial culture and phenotyping, antibiotic-dose response, sequencing-based social composition and statistical modeling and bioinformatics. The project is included in the DDLS environment and is carried out in collaboration with researchers at Lund University and other universities.

Tasks and responsibilities

The main work tasks of a doctoral student are engaging in their postgraduate education and therefore you will both be adopted as a student and employed at Lund University.

You will:

  • Plan and carry out longitudinal experiments with defined polychobial UVI model systems
  • Establish, maintain and quality-assured microbial cultivation systems, including planktonic and biofilm based models
  • Implement bacterial culture, sampling, growth quantification, antibiotic-dose response and resistance phenotyping
  • Put yourself in and use the university's chemical management, risk assessment and electronic laboratory documentation
  • Work in a BSL 2 -Laboratorium and follow applicable biosafety routines, risk assessments and local safety regulations
  • Analyze experimental data in R and / or Python and contribute to statistical modeling and visualization
  • Analyze sequencing based and, as needed, other omikdata
  • Participate in experimental planning, data management, screenwriting, seminars and scientific conferences
  • Implement mandatory courses and other moments in postgraduate education

Qualifications

Requirements for the admission are:

  • Departed degree at advanced level, completed course requirements on at least 240 High school credits, at least 60 Higher education credits at advanced level, or in any other way within or outside the country acquired mainly corresponding knowledge
  • Good ability to assimilate postgraduate education
  • At least 60 High school credits within a subject area relevant to medical science

Requirements for the employment are:

  • You have a master's degree in microbiology, molecular biology, biotechnology or other area relevant to the project
  • You have documented practical experience of experimental microbiological laboratory work, including bacterial cultivation, aseptic technique and quantification of microbial growth
  • You have experience in establishing and maintaining defined microbial cultivation systems and working with synthetic or polymeric bacterial communities
  • You have documented experience in vitro models for polychobial urinary tract infections or a close comparable infectionally relevant polymeric model system
  • You have experience of experiments examining antibiotic spons, microbial interactions or evolutionary changes in bacterial communities
  • You have basic experience of data management and analysis in R and / or Python
  • You have very good knowledge of English in speech and writing
  • You are self-sufficient and sustainable, have good written capacity and can work structured both independently and in cooperation with others

Merit for the employment is:

  • You have experience in biofilm systems, catheter-related models or other infectious biofilm systems
  • You have experience of experimental evolution and / or research on antimicrobial resistance
  • You have experience with statistical modeling, bioinformatics or analysis of sequencing-based microbial data
  • You have experience of work in research laboratory or clinical microbiological laboratory
  • You have experience with quantitative microbial phenotyping, such as flow cytometry.

Great emphasis will be added to how the applicant through its experience and competence is deemed to have the ability needed to cope with the postgraduate education.

We are offering

Lund University is a state authority, which means that you get special benefits, generous holiday and a favorable occupational pension. As a doctoral student at Lund University, you are both admitted as a student and employee, which gives several benefits. Read more about being adopted and employed by the university website.

As a doctoral student in Meg Lab, you have access to modern microbiological laboratory infrastructure at BMC, close to supervision and participation in the DDLS network training and scientific meetings. The project provides training in both experimental microbiology and quantitative data analysis and the opportunity for cooperation with national and international researchers.

Read more on the university's website about being employed with us working with us.

Please view the ad in its entirety via Link: https://lu.varbi.com/what:job/jobID:971233/

Machine translation (OPUS-MT) — the original text is authoritative

Show the original advertisement

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Beskrivning av verksamheten

Tjänsten är placerad vid laboratoriet Microbial Evolutionary Genetics (MEG), som leds av Johannes Cairns vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap, Medicinska fakulteten, Lunds universitet.

Forskargruppen studerar mikrobiell evolution, antibiotikaresistens och mikrobiella interaktioner med hjälp av experimentell evolution, mikrobiell ekologi, bioinformatik och kvantitativ analys. Gruppen kombinerar experimentell mikrobiologi med dataanalys och samarbetar med nationella och internationella forskningsmiljöer.

Doktoranden kommer att arbeta vid BMC i Lund i en liten tvärvetenskaplig forskningsmiljö med nära handledning och samarbete mellan experimentella och beräkningsinriktade forskare.

Forskargruppens webbplats: https://johannescairns.github.io/meg-lab/.

Projektbeskrivning

Doktorandprojektet "Predicting eco-evolutionary dynamics in a polymicrobial urinary tract infection model" undersöker hur artinteraktioner påverkar antibiotikarespons, samhällssammansättning, biofilmsbildning och resistensutveckling i en definierad femartsmodell för urinvägsinfektioner. Projektet kombinerar longitudinella experiment i planktoniska och biofilmsystem med kvantitativ analys. Arbetet omfattar experimentell evolution, bakterieodling och fenotypning, antibiotika-dos-respons, sekvenseringsbaserad analys av samhällssammansättning samt statistisk modellering och bioinformatik. Projektet ingår i DDLS-miljön och genomförs i samarbete med forskare vid Lunds universitet och andra universitet.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Huvudarbetsuppgifterna för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning och därför kommer du både vara antagen som student och anställd vid Lunds universitet.

Du kommer att:

  • Planera och genomföra longitudinella experiment med definierade polymikrobiella UVI-modellsystem
  • Etablera, underhålla och kvalitetssäkra mikrobiella odlingssystem, inklusive planktoniska och biofilmbaserade modeller
  • Genomföra bakterieodling, provtagning, tillväxtkvantifiering, antibiotika-dos-respons och resistensfenotypning
  • Sätta dig in i och använda universitetets system för kemikaliehantering, riskbedömning och elektronisk laboratoriedokumentation
  • Arbeta i ett BSL-2-laboratorium och följa gällande biosäkerhetsrutiner, riskbedömningar och lokala säkerhetsföreskrifter
  • Analysera experimentella data i R och/eller Python och bidra till statistisk modellering och visualisering
  • Analysera sekvenseringsbaserade och, efter behov, andra omikdata
  • Delta i experimentell planering, datahantering, manusförfattande, seminarier och vetenskapliga konferenser
  • Genomföra obligatoriska kurser och andra moment inom forskarutbildningen

Kvalifikationer

Krav för antagningen är:

  • Avlagd examen på avancerad nivå, fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper
  • God förmåga av att tillgodogöra sig forskarutbildningen
  • Minst 60 högskolepoäng inom ett ämnesområde relevant för medicinsk vetenskap

Krav för anställningen är:

  • Du har en masterexamen inom mikrobiologi, molekylärbiologi, bioteknik eller annat område relevant för projektet
  • Du har dokumenterad praktisk erfarenhet av experimentellt mikrobiologiskt laboratoriearbete, inklusive bakterieodling, aseptisk teknik och kvantifiering av mikrobiell tillväxt
  • Du har erfarenhet av att etablera och underhålla definierade mikrobiella odlingssystem och arbeta med syntetiska eller polymikrobiella bakteriesamhällen
  • Du har dokumenterad erfarenhet av in vitro-modeller för polymikrobiella urinvägsinfektioner eller ett nära jämförbart infektionsrelevant polymikrobiellt modellsystem
  • Du har erfarenhet av experiment som undersöker antibiotikarespons, mikrobiella interaktioner eller evolutionära förändringar i bakteriesamhällen
  • Du har grundläggande erfarenhet av datahantering och analys i R och/eller Python
  • Du har mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift
  • Du är självgående och uthållig, har god skriftlig förmåga och kan arbeta strukturerat både självständigt och i samarbete med andra

Meriterande för anställningen är:

  • Du har erfarenhet av biofilmsystem, kateterrelaterade modeller eller andra infektionsrelevanta biofilmsystem
  • Du har erfarenhet av experimentell evolution och/eller forskning om antimikrobiell resistens
  • Du har erfarenhet av statistisk modellering, bioinformatik eller analys av sekvenseringsbaserade mikrobiella data
  • Du har erfarenhet av arbete i forskningslaboratorium eller kliniskt mikrobiologiskt laboratorium
  • Du har erfarenhet av kvantitativ mikrobiell fenotypning, exempelvis flödescytometri

Stor vikt kommer att läggas vid hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Som doktorand vid Lunds universitet är du både antagen som student och anställd vilket ger flera förmåner. Läs mer om att vara antagen och anställd vid på universitetets webbplats.

Som doktorand i MEG Lab får du tillgång till modern mikrobiologisk laboratorieinfrastruktur vid BMC, nära handledning och deltagande i DDLS-nätverkets utbildningar och vetenskapliga möten. Projektet ger träning i både experimentell mikrobiologi och kvantitativ dataanalys samt möjlighet till samarbete med nationella och internationella forskare.

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.

Vänligen se annonsen i sin helhet via länk: https://lu.varbi.com/what:job/jobID:971233/ 

Advertisement text from Arbetsförmedlingen Platsbanken (JobTech open data), CC0 1.0.

The employer's ad is the binding version. Apply through their system.

Original ad ↗
?

Saved calls and ads appear on your calendar, and their deadlines are included when you export it. Nothing else is added for you.

Report a problem with this listing