researchJobsPhD in Bioinformatics/Structural Modelling (m/f)
Thèse en bioinformatique/modélisation structurale (H/F) — Machine-translated title
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Description of the post
Subject of Thesis
The Ph.D. will contribute to the PREBACTOR Project (ANR 2026), which aims to elucidate the molecular mechanisms of bacterial predation in Myxococcus xanthus, a key predatory bacterium in the telluric ecosystems. Specifically, he/she will focus on the generation of a network of protein-protein interactions (PPI) between Kil and T3SS* devices using structural prediction models based on deep neuron networks (AlphaFold2/3, Boltz-2, RosettaFold3, etc.).
The objective is to map intra- and inter-complex interactions between the proteins of these two systems, which are essential for contact predation.
Your Working Environment
The doctoral student will be welcomed to the Laboratory of Biology and Modelling of the Cell (LBMC, UMR5239), to the École Normale Supérieure in Lyon, within the DAMM team (Riccardo Pellarin and Juliette Martin). The team specializes in the modelling of macromolecular assemblages and the use of computational methods to study large-scale protein interactions. The LBMC has privileged access to the resources of the Blaise Pascal Centre (CBP) and the Digital Modelling Scientific Pole (PSMN), including computing clusters equipped with high-end GPUs (H200, GH200, A6000, etc.)
Constraints and risks
no identified risk
Remuneration and benefits
Remuneration
The remuneration is 2 300€ gross monthly
Annual leave and TWU
44 days
Practice and compensation of TT
TT practice and compensation
Transport
Support at 75% cost and sustainable mobility package up to 300€
About the offer
Supply Reference UMR5239-JULMAR-002 Section(s) CN / Research Area Mathematics and Mathematical InteractionsAbout CNRS
The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. His unique position as a multi-specialist allows him to associate the different disciplines in order to face the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.
The CNRS
Research occupations
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Description du Poste
Sujet De Thèse
Le/la doctorant(e) recruté(e) contribuera au projet PREBACTOR (ANR 2026), qui vise à élucider les mécanismes moléculaires de la prédation bactérienne chez Myxococcus xanthus, une bactérie prédateur clé des écosystèmes telluriques. Plus précisément, il/elle se concentrera sur la génération d’un réseau d’interactions protéine-protéine (PPI) entre les appareils Kil et T3SS* à l’aide de modèles de prédiction structurale basés sur des réseaux de neurones profonds (AlphaFold2/3, Boltz-2, RosettaFold3, etc.).
L’objectif est de cartographier les interactions intra- et inter-complexes entre les protéines de ces deux systèmes, essentiels pour la prédation par contact.
Votre Environnement de Travail
Le/la doctorant(e) sera accueilli(e) au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC, UMR5239), à l’École Normale Supérieure de Lyon, au sein de l’équipe DAMM (Riccardo Pellarin et Juliette Martin). L’équipe est spécialisée dans la modélisation des assemblages macromoléculaires et l’utilisation de méthodes computationnelles pour étudier les interactions protéiques à grande échelle. Le LBMC dispose d’un accès privilégié aux ressources du Centre Blaise Pascal (CBP) et du Pôle Scientifique de Modélisation Numérique (PSMN), incluant des clusters de calcul équipés de GPU haut de gamme (H200, GH200, A6000, etc.)
Contraintes et risques
pas de risque identifié
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est de 2 300€ brut mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
À propos de l’offre
Référence de l’offre UMR5239-JULMAR-002 Section(s) CN / Domaine de recherche Mathématiques et interactions des mathématiquesÀ propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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