researchJobsPhD - Innovative coupling of experiment and modeling to evaluate the role of amoebas in the dissemination of antibiotic resistance in soil (m/f)
Thèse - Couplage innovant expérience/modélisationpour évaluer le rôle des amibes dans la dissémination de l'antibiorésistance dans le sol (H/F) — Machine-translated title
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Subject of Thesis
Antibioresistance (ABR) is a global threat to human, animal and environmental health. Limiting its tanks
the environment requires a better understanding of its pathways of dissemination. If wastewater and surface water are well studied, the role
soil remains unexplored. Soils are however major reservoirs of antibiotic resistant bacteria (BRAs)
antibiotic resistance gene carriers (GRAs). In this telluric medium, protists (micro-eucaryote), particularly the
amibes, play an important role in the regulation of bacterial populations through their predation activity. However, bacteria
among which opportunistic pathogens, including BRAs, resist amebian lysis after their phagocytosis and persist then
in the ambian microbiota. Amoeba could then play a key role as vectors of resistant bacteria(genes)
antibiotics (BRAs/GRAs). Through an integrated interdisciplinary approach "One Health", the thesis proposes to study the influence of
soil properties on the survival and mobility of amoeba, BRAs and GRAs (molecular markings). Innovative coupling
experiment/modelling (reactors, soil cores, X tomography, hydrobiogeochemical model) will quantify their transport
in soil and predict the risk of release of AMR.
Your Working Environment
The Institut des Géosciences de l'Environnement (IGE, http://www.ige-grenoble.fr) is a French public research institution under the supervision of the CNRS Terre & Universe, IRD, Université Grenoble Alpes (UGA), Grenoble-INP and INRAE. It brings together approximately 330 people including 190 permanent members (researchers, associate professors and incumbents, research engineers), and about 140 PhD students, post-doctoral researchers and CDD staff. The Institute also hosts dozens of interns and scientific visitors each year. The Institute is located on three sites of the Campus universitaire de Grenoble (Sites Molière, OSUG-B, and Maison Climat Planete). IGE is one of the main laboratories of the Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), which is a federal structure of the Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) of the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS).
Remuneration and benefits
Remuneration
The remuneration is a minimum of 2300,00 € monthly
Annual leave and TWU
44 days
Practice and compensation of TT
TT practice and compensation
Transport
Support at 75% cost and sustainable mobility package up to 300€
About the offer
Supply Reference UMR5001-ALEVIA-057 Section(s) CN / Research Area Continental surface and interfacesAbout CNRS
The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. His unique position as a multi-specialist allows him to associate the different disciplines in order to face the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.
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Description du Poste
Sujet De Thèse
L’antibiorésistance (ABR) est une menace globale touchant la santé humaine, animale et environnementale. Limiter ses réservoirs
environnementaux nécessite de mieux comprendre ses voies de dissémination. Si les eaux usées et de surface sont bien étudiées, le rôle
des sols reste encore peu exploré. Les sols sont pourtant des réservoirs majeurs de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs)
porteuses de gènes de résistances aux antibiotiques (GRAs). Dans ce milieu tellurique, les protistes (micro-eucaryote), notamment les
amibes, jouent un rôle important dans la régulation des populations bactériennes via leur activité de prédation. Cependant, des bactéries
parmi lesquelles des pathogènes opportunistes dont des BRAs, résistent à la lyse amibienne après leur phagocytose et persistent alors
dans le microbiote amibien. Les amibes pourraient alors jouer un rôle clé comme vecteurs de bactéries(gènes) résistantes aux
antibiotiques (BRAs/GRAs). Par une approche interdisciplinaire intégrée «One Health», la thèse propose d’étudier l’influence des
propriétés des sols sur la survie et la mobilité des amibes, des BRAs et GRAs (marquages moléculaires). Un couplage innovant
expérience/modélisation (réacteurs, carottes de sol, tomographie X, modèle hydrobiogéochimique) permettra de quantifier leur transport
dans le sol et prédire le risque de dissémination de l’AMR.
Votre Environnement de Travail
L'Institut des Géosciences de l'Environnement (IGE, http://www.ige-grenoble.fr) est un établissement public de recherche français sous tutelle du CNRS Terre & Univers, de l'IRD, de l'Université Grenoble Alpes (UGA), de Grenoble-INP et de l'INRAE. Il rassemble environ 330 personnes dont 190 membres permanents (chercheurs, professeurs associés et titulaires, ingénieurs de recherche), et environ 140 doctorants, chercheurs post-doctorants et personnels en CDD. L'Institut accueille également chaque année plusieurs dizaines de stagiaires et de visiteurs scientifiques. L'Institut est installé sur trois sites du Campus universitaire de Grenoble (sites Molière, OSUG-B, et Maison Climat Planète). L'IGE est l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) qui est une structure fédérative de l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS).
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
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À propos de l’offre
Référence de l’offre UMR5001-ALEVIA-057 Section(s) CN / Domaine de recherche Surface continentale et interfacesÀ propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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